Dalam Kanun Ibnu Sina sering kali membincangkan anatomi (struktur) dengan disusuli fisiologi (fungsi) anggota atau bahagian tubuh manusia.[39] Beliau juga menggunakan pendekatan yang sama, yakni penggunaan kaedah pengujikajian dan pengkuantitian, dalam Kanunnya. Beliau mula-mula memperkenalkan kaedah pengujikajian dan pengkuantitian dalam kajian fisiologi[40] dan kaedah ini juga terdapat dalam penulisannya berkaitan ubat-ubatan.

Seperti yang diperhatikan dalam bahagian di atas, dalam Kanun, penulisan berkaitan anatomi berselerak dan terdapat dalam bahagian-bahagian yang membincangkan penyakit tertentu. Namun, Kanun memeutakan banyak perbincangan berkaitan anatomi serta gambar rajah berkaitan anggota tubuh tertentu, termasuklah gambar rajah berkaitan sutur kranial.[41]

Diseksi

Kanun membezakan kajian anatomi "daripada aspek lain perubatan kerana ia memerlukan kaedah berbeza". Justeru ia menyatakan:

"Bagi bahagian-bahagian tubuh dan fungsi mereka, adalah perlu kajian mereka dilakukan melalui pemerhatian (hiss) dan diseksi (tasyrih), sementera perkara-perkara yang perlu ditaakul dan ditunjukkan merupakan penyakit dan penyebab serta gejala dan bagaimana penyakit boleh disembuh dan kesihatan dikekalkan."[42]

Tekanan darah

Ibnu Sina mengkhaskan satu bab khusus bagi perbincangan tekanan darah. Beliau berjaya ketemu penyebab-penyebab perdarahan dan mendapati bahawa perdarahan dapat disebabkan oleh tekanan darah yang tinggi. Pertemuan ini mendorong beliau menyelidik kaedah mengawal tekanan darah.[43]

Neuroanatomi dan Neurofisiologi

Ibnu Sina menemui vermis serebelum (bahagian daripada otak belakang yang terletak pada bahagian pasterior medula dan pons yang berkaitan dengan koordinasi pergerakan)[44] dan nukleus kaudat, yang dinamakannya "nukleus berekor" atau "nucleus caudatus". Istilah-istilah ini masih digunakan dalam bidang perubatan neurologi moden.[43]

Kanun juga merupakan teks terawal yang menyatakan bahawa kelainan fungsi intelek sering kali disebabkan kelainan dan kekurangan pada ventrikel tengah otak, dan bahawa lobus frontal otak mengawal fungsi taakulan dan akal budi.[45]